以下文章来源于基因湾 ，作者JYW

PCR引物是PCR扩增中必不可少的一部分，它们是一段短的DNA序列，能够与目标DNA序列特异性结合，并帮助扩增所需的DNA片段。而测序引物则是用来帮助测序仪对DNA序列进行读取的引物。虽然PCR引物和测序引物的作用类似，但它们在设计和用途上还是存在着区别。测序引物分自带引物和通用引物，自带引物为客户自行设计的PCR扩增引物或者载体及目的片段上设计的引物进行测序。

大多少数情况下是无区别的，可以通用。比如扩增的引物可以用来测序，或者载体上原来用于测序的引物也可以用来检测阳性克隆。

只有少部分情况下是不通用的：

1，随机引物或简并引物，随机引物或简并引物必然会在测序模板上有多个结合位点，会直接影响测序的结果。

2，测序引物一般不大于 24bp，最长不能超过 30bp。过长的测序引物在测序反应中容易在测序模板上有多个结合位点，导致测序的结果干扰背景增高。另外，引物较长，纯度也将难以保证。通常用于测序的引物特异性要搞，纯度要在 90%以上，不能为随机、兼并、不纯、长度过长的引物。如测序引物纯度低时，测序反应的背景将明显增大，将直接影响测序的结果。

3，不能带有荧光标记的引物。在测序反应中加入的的四种碱基都是荧光标记的，如测序引物带有荧光标记，将对测序产生干扰。另外，其他一些大的标记基团的引物也最好不要用于测序。引物上大的标记基团将直接影响到DNA 片段的迁移率，导致测序结果峰型不好或错误。

PCR引物和测序引物的设计，需要注意什么？

测序用引物要求非常严格，不同于 PCR 通用引物。PCR通用引物一般只要能和模板结合，3'端的几个碱基能完全配对，即使引物长达 80~100 个碱基，只要适当调整 PCR 反应条件，也能成功进行 PCR 反应。

(1)引物长度在 15~25个碱基左右，一般选择 20 个碱基(根据 GC含量作适当调整)。

(2)Tm 温度应选择50度~70度左右。

(3)3'端尽量选择G或C碱基(但不绝对)，以增加与模板的结合能力。

(4)GC 含量应选择在 50%左右，应尽量避开 A、T、G、C的连续结构。

(5)避开引物自身形成发夹结构或引物二聚体结构等复杂结构。

(6)保证引物和模板 100%匹配，特别是3'端的几个碱基一定要 100%匹配。同时保证引物和模板只有一个结合位点。

相对来说，PCR引物要求相对低一些，就是PCR引物可以用来扩增但是不一定适合测序。

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